El 23 de febrero de 1461, Juan II ordenó la puesta en libertad de Carlos de Viana, encarcelado en Morella, ante la amenaza que suponía el ejército reclutado por la Diputación del General de Cataluña que había salido de Barcelona en dirección a Fraga. Las aspiraciones de la nobleza catalana se esfumaron al fallecer don Carlos, quedando el infante Fernando como primogénito del principado de Barcelona, con tan solo 9 años. Debido a la incapacidad, la tarea quedó asumida de facto por la reina consorte Juana, que se esforzó por concentrar el poder real de nuevo en el territorio catalán, lo que produjo una reacción en contra que llevó al enfrentamiento armado. La reina intentó replicar la política de equilibrio entre la Biga, la busca y los remensas que había llevado a cabo Alfonso V desde hacía más de un siglo, pero la situación estaba agotada y no tardó en estallar el conflicto armado en Barcelona durante 1462, obligando a la reina a huir a Gerona junto con su heredero Fernando.
La situación no era una simple rebelión de campesinos, sino una auténtica declaración de guerra. La reina consorte tuvo que dirigir el sitio de Girona y el propio Heredero Fernando, con tan solo 10 años de edad, participó con las armas en lo que fue su primera refriega militar, mostrando valores impropios de un niño de su edad. La situación en Girona se tornaba grave y la necesidad de socorrer a la reina era acuciante, lo que llevó al rey Juan II a pedir ayuda a Luis XI de Francia en la campaña contra los sublevados. La alianza Franco-Aragonesa se consumó y un ejército francés desde el norte liberó la ciudad sitiada, salvando a la reina Consorte, y el ejército aragonés, con el rey Juan II a la cabeza, entró por Fraga, tomando Balaguer. La reina estaba a salvo, pero la decisión fue muy costosa. Hubo que entregar el Rosellón y la Cerdeña, lo que supuso, en términos económicos, la pérdida de sus derechos y rentas. En términos políticos, el rey Juan II fue acusado de traición al entregar territorios catalanes al vecino francés.
El bando rebelde se acercó a todos los enemigos de Aragón, principalmente a Enrique IV, al que le fue ofrecido el principado de Cataluña, pero este denegó la oferta. También le ofrecieron la misma corona al poderoso Juan de Anjou, duque de Lorena, que penetró en la península con un poderoso ejército. La guerra tomó una dimensión internacional y se prolongó durante diez terribles años y dejó las arcas de la corona de Aragón completamente vacías. Finalmente, el bando realista de Juan II se impuso sobre los rebeldes. Muchas habían sido las pérdidas materiales, pero especialmente las humanas, ya que durante el tortuoso camino el rey Juan había perdido a su «niña» tal y como llamaba a su esposa tan amada en 1468.
Tras una vida de lucha, la providencia otorgó al poderoso rey Juan de Aragón y Navarra el poder vivir el matrimonio de su hijo y heredero Fernando con la hermanastra de Enrique IV, Isabel. La providencia le otorgó el tiempo para ver cómo su hijo se convertía en rey consorte de Castilla en 1479, cumpliendo así la promesa que su Padre Fernando de Antequera le hiciera al Papa Luna. Finalmente, los reinos de Castilla y Aragón quedaban sobre un mismo rey, formándose la unión política más importante del medievo, origen de los años más gloriosos de la historia de España. Tal y como su corazón ansiaba, y a través de su legado, su casa y su destino quedaron finalmente ligados al destino de Castilla
El 19 de enero de 1479, falleció este gran monarca en el Palacio episcopal de Barcelona, cuando realizaba los preparativos para encontrarse con su hijo Fernando en Daroca, para tratar algunos asuntos relativos al reino de Navarra. Según señalan los cronistas, como Zurita murió «más de vejez que de dolencia» o Pedro Miguel Carbonell «realment era malatia natural e no altra» , puesto que a sus 80 años seguía practicando la caza. El monasterio de Poblet, guarda sus restos mortales, donde descansa este importante rey de la casa Trastámara junto a su amada Juana Enríquez.
Jaime Sogas